Die Mikrostruktur-Messtechnik am IMM dient vorwiegend der zerstörungsfreien Kontrolle von Reinraumprozessen. Sie wird jedoch auch abteilungsübergreifend für die allgemeine Qualitätskontrolle genutzt. Die vorhandenen Geräte stehen Kunden auch als externe Dienstleistung  zur Verfügung.

Das IMM verfügt über eine große Auswahl an Geräten für die optische und taktile Vermessung von Stufenhöhen, Bestimmung von Rauheiten nach DIN, Bestimmung verschiedenster Strukturgrößen der Mikrostrukturierung, Elementanalyse von Werkstoffen und Verunreinigungen, Kontrolle von Fertigungstoleranzen sowie vielfältige mikroskopische Untersuchungsmöglichkeiten.

Es können sowohl metallische als auch nichtmetallische Werkstoffe und Proben, z.B. Isolatoren, Kunststoffe, und organische Proben verschiedenster Eigenschaften untersucht werden.

Dabei sind Bestimmungen von Kenngrößen im Zentimeterbereich bis in den zweistelligen Nanometerbereich möglich.